56г Командующий Краснознаменной Амурской Флотилии контр-адмирал Бачков Н.М. .приказом № 0416 МО СССР назначен Командующим КДуФ.  25.02.56г. Директивой НГШ ВМФ №ОМУ 1/ 19043сс КДуФ подчинена Командующему ЧФ. Циркуляром НШ ЧФ № 055 от 15.02.55г. посыльный катер ПОК-74 переименован в рейдовый мотобот РМБ-49. 05.57г. В состав КДуФ прибыл головной тральщик пр. 151. Всего на Дунай до 1959 г. прибыло 16 тральщиков пр.151. 22.06.57г. Директивой НШ ЧФ № ОМ-0811  327-й дивизион кораблей резерва переформирован в 327-й дивизион бронекатеров резерва. 1.07.57г. Директивой Штаба ЧФ № 0874 от 5 июля 1957г в дивизионах кораблей 4 ранга должность начальника штаба сокращена. 24.03.58г. Приказом ГК ВМФ № 069 от 11.03.58 Мн «Железняков» исключен из боевого состава КДуФ и переименован в плавсклад «ПСКЛ-4».. 1.06.58г. Директивой Штаба ЧФ № ОМ-0570 от 8 мая 1958 г в составе 116 Кбрт сформирован 105-й дтщ с дислокацией в Килие.. В составе КДуФ расформирован 321 отдельный дивизион десантных кораблей. 5 бронекатеров КДуФ и штабной корабль «Мачин» участвовали в штурманском походе Измаил – Видин – Измаил. 29.11.58 г  командиром 116-й Кбт назначен капитан 2 ранга Жолобов Н.И. 19.01.59г. Приказом ГК ВМФ № 028 штабной корабль КДуФ «Прут» исключен из боевого состава ВМФ и передан в состав 116-й Кбт в качестве плавбазы. 19.02.59г. Директивой ГШ ВМФ № ОМУ 1/16039сс рейдовому мотоботу РМБ-49  присвоено наименование «Десна» и он определен штабным кораблем КДуФ. 19.06.59г Пять тральщиков 116-й Кбт участвовала в штурманском походе Измаил – Калафат – Измаил. В июне 1959 г штабной корабль «Десна» 8 бк, 7 тщ, 7 ктщ участвовали в походе по Днестру до г. Тирасполь и обратно. 12 ктщ 76-го дктщ и 8 бк 1-го огвБдбк участвовали в походе Измаил – Феодосия – Измаил. 24.03.60г. Постановлением Совета Министров № 223-132 от 17.03.1960 и Директивой ДГШ ВМФ № орг/5/60727 от 20.03. 1960 судоремонтный завод СРЗ-99 (г. Измаил) КДуФ  передан Совнархозу. 27.03.60г. Директивой ГК ВМФ № ОМУ 1/13029сс от 27.03.60г расформированы 105-й дтщ, 401-й отдельный дасс и 247-й довр. 4.08.60г. 116 Кбрт подчинена Командующему ЧФ и передислоцирована из Килии в Измаил. 1.11.60г. Директивой ГК ВМФ № ОМУ 1/13029сс от 27.03.